勞動合同所規定的兩種情形下可以約定違約金，其中并不包括員工擅自離職的情形。因此，員工擅自離職的，因為沒有交接工作而給用人單位造成了損失的，單位可以就造成的損失要求員工做出賠償，但是不能追究其相關的違約金。
員工擅自離職是否需要支付違約金
勞動合同所規定的兩種情形下可以約定違約金：
(1)接受了用人單位的專項培訓，并且簽訂了服務期限，勞動者違反服務期限的，需要支付違約金; 違約金的金額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期限尚未履行的部分所應分攤部分。
用人單位與勞動者約定服務期限的，不影響按照正常的工資調整機制提高勞動者在服務期限的勞動報酬。
(2)勞動者簽訂了競業限制約定，違反了協議的相關內容，需要支付違約金。
(3)勞動合同法所規定的除了以上兩種情形可以約定違約金以外，其他不能設定違約金;
因此，自動離職，沒有交接工作的用人單位可以追究其損失，對單位造成的損失，但是不能追究其相關的違約金。
擅自離職要承擔法律責任嗎
根據國家勞動部(勞部發[1995]223號)文件的規定：“用人單位招用尚未解除勞動合同的勞動者，對原用人單位造成經濟損失的，除該勞動者承擔直接賠償責任外，該用人單位應承擔連帶賠償責任。其連帶賠償的份額應不低于原用人單位造成經濟損失總額的70%。向原用人單位賠償下列損失：
1、對生產、經營和工作造成的直接經濟損失;
2、因獲取商業秘密給原用人單位造成的經濟損失。”
因此，用人單位也好，員工也好，守規矩、講信用才是唯一正確的做法。
職工自動離職屬于違法解除勞動合同，對用人單位造成損失的，勞動者應當按照規定承擔賠償以下損失的責任：
1、用人單位招收錄用的支付的費用;
2、用人單位為其支付的培訓費用，雙方另有約定的按約定辦理;
3、對生產、經營和工作造成的直接損失;
4、勞動合同約定的其他賠償費用;
法律中對只能由勞動者承擔違約金的情形做出了明確的規定，只有上述兩種情況，除此之外即使單位與勞動者之間有格外的約定，相關的約定也是屬于無效的。所以實踐中，出現員工擅自離職的情況，單位不能因此要求勞動者承擔違約金，最多只能就擅自離職給單位造成的經濟損失要求員工賠償。
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